Allen започва работа в IBM през 1957г и работи там до 2002г. През това време тя извършва огромна маса от работа, което й донася нейния легендарен статус сред софтуерните среди за разработването на високо производителни компютърни приложения, особено в разработването на програмни езици и компилатори.
През 2006г Алън получи престижната награда Тюринг, стипендия от IBM и множество други отличия. Компанията е до толкова горда със Алън, че кръщава стипендиантсткото настоятелство на нейно име.
Следващия път когато някой ви заяви, че жените не са добри в математиката просто извадете списък с постиженията на Франсис Алън.
Frances Allen ще остане завинаги в историята и като първата дама с награда Тюринг
Allen е активна и в областта на националната сигурност - докато работи за Националната агенция за сигурност (NSA) тя разработва софтуер за разбиване на кодове, известен като Alpha.